โรงเรียนกระบุรี ตั้งขึ้นมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม พ.ศ. 2494 ณ สถานที่ปัจจุบัน (ดอนตาตุ่ม) เลขที่ 139 หมู่ที่ 2 ตำบลนำ้จืด อำเภอกระบุรี จังหวัดระนอง ครั้งแรกเปิดสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 - ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3
ตามแผนการศึกษาแห่งชาติ สังกัดกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ จนถึงปี พ.ศ. 2504 ได้มีการเปลี่ยนแปลงระบบการศึกษาจากชั้นมัธยมปีที่ 1 - ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 เป็นระบบ ชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 - ชั้นประถมศึกษาปีที่ 7 ในสังกัดกรมสามัญศึกษากระทรวงศึกษาธิการ เมื่อถึงวันที่ 6 มีนาคม พ.ศ. 2515 โรงเรียนกระบุรีได้โอนไปสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดระนอง ขยายการศึกษาภาคบังคับเป็น 7 ปี จนกระทั่งถึงวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2521 ส่วนการศึกษาองค์การบริหารส่วนจังหวัดระนองได้ยุบโรงเรียนวัดจันทารามซึ่งเปิดสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 - ชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 มารวมกับโรงเรียนกระบุรีและเปิดสอนชั้น ประถมศึกษาปีที่ 1- ชั้นประถมศึกษาปีที่ 7
ตั้งแต่ปีการศึกษา 2522 เป็นต้นมา โรงเรียนได้เปิดสอนเพียง 6 ชั้นเรียน ในชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 - ชั้นประถมศึกษาปีทีี่ 6 จนถึงวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2523 ได้ถูกโอนไปสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ เมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม พ.ศ. 2546 โรงเรียนเข้าสู่เขตพื้นที่การศึกษาระนอง สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ